傳質阻力包括移動流動相傳質阻力、滯留流動相傳質阻力和固定相傳質阻，因傳質阻力的存在，使分配不能瞬間達至平衡，因此產生色譜峰展寬。

1、移動流動相傳質阻力：

在固定相顆粒間移動的流動相對處于不同層流的流動相分子具有不同的流速，溶質分子在緊挨固定相顆粒邊緣的流動相層流中的移動速度比在中心層流中的移動速度慢，因而引起色譜峰展寬。同時，有些溶質分子也會從移動快的層流向移動慢的層流擴散（徑向擴散），使不同層流中溶質分子的移動速度趨于一致而減少色譜峰展寬。

 

2、滯留流動相傳質阻力：

色譜柱中填充的全多孔微粒固定相顆粒內部的孔洞中充滿了滯留流動相，溶質分子在滯留流動相中的擴散會產生傳質阻力。對僅擴散到孔洞中滯留流動相表層的溶質分子僅需移動很短的距離，就能很快地返回到固定相顆粒間流動的主流路。而擴散到孔洞中滯留流動相較深處的溶質分子，會消耗更多的時間停留在孔洞中，當其返回到主流路時會引起色譜峰展寬。

 

3、固定相傳質阻力：

溶質分子由兩相界面到固定相內部進行分配又返回兩相界面的過程中受到的阻力。

固定相的微孔小且深時，擴散不易進行，傳質速率慢，對色譜峰展寬影響較大。減小固定相的顆粒粒度和增大孔徑是提高柱效的主要手段。