色譜柱的流向不能改變色譜柱前后端的填料及填裝工藝都是一樣的，標示方向的目的就是讓我們在使用中記住流動相從哪個方向流入色譜柱，那么這個流入段就是先污染端。這樣就為我們日后維護或再生色譜柱做了準備，而我們需要遵循這個規定應該在色譜柱開始做樣后。
      色譜柱的說明書定要看清楚色譜柱內保存著什么溶劑定要看清楚，因此色譜柱的說明書定要看清楚，當然也包括說明書上建議的維護保養規定，對我們有用。對于反相柱來說，溶劑基本就是乙腈或甲醇。但正相柱就不同了，因為正相柱除了可以適用正相系統，也可以適用反相系統，因此定要看清楚，對于你的方法來說是否需要置換色譜柱內保存溶劑。一般色譜柱不能反沖，只有色譜柱使用說明書上標明該柱可反沖才可以反沖除去留在柱頭上的雜質。否則，反沖色譜柱的影響是迅降柱效。
      色譜柱使用完成之后須使用相宜溶劑進行清潔處理色譜柱使用完成之后須使用相宜溶劑進行清潔處理，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡；當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗；含鹵族 元素（氟、氯、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸；色譜柱如不經常使用，應每隔4-5天開機沖洗15分鐘。使用強溶劑沖洗色譜柱對內填料的害是大的，尤是純水，除的色譜柱是耐水的。沖洗色譜柱好的方法是用流動相比例的水系和有機系來沖洗。如果你認為流動相比例無法把色譜柱沖洗干凈或者此比例中有機系占有比例過大，你可以使用內含10%左右的純水來沖洗。
      保存在乙腈或甲醇中的新色譜柱可以直接使用，因保存的有機系具有揮發性，因此在使用前還是應該用小流速的和色譜柱內相同的溶劑沖洗一些時間。可以是0.5ml/min，120min，但建議咨詢廠家，根據色譜柱參數設定。
      色譜柱應該保存在純乙腈或甲醇中，保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或長時間。